По рекомендации от Яндекса нам предлагается на время отключить:

1. Дополнения. Сделать это можно на странице Дополнения (чтобы перейти туда, нажмите кнопку Настройки браузера Yandex в правом верхнем углу). Выставив переключатель в соответствующий статус. Оставляйте только необходимое. Помните - минимализм, залог быстрой работы.
   
2. Турбо-режим. При нем происходит сжатие страниц на серверах Яндекса и часто, на слабых каналах, из-за компрессии получается приличная прибавка в скорости, т.к. трафика передается меньше. Но из-за появления посредника, в виде серверов Яндекса, при передаче пакетов от сайта к пользователю, маршрут меняется и информация может идти дольше по времени.
   Но проверить стоит, повлияет ли отключение режима Турбо на работу Яндекс браузера
   Настройки браузера Yandex - Настройки - Показать дополнительные настройки - В блоке Турбо выставляем Выключен и проверяем как это отразилось на работе.
   
3. Очистка кэша. Сам он располагается
   Windows 7, Windows 8 — C:\Пользователи\Имя вашей учетной записи\AppData\Local\Yandex\YandexBrowser\User Data\Default\Cache
   Windows XP — C:\Documents and Settings\Имя вашей учетной записи\Local Settings\Application Data\Yandex\YandexBrowser\User Data\Default\Cache
   Windows Vista — C:\Users\Имя вашей учетной записи\AppData\Local\Yandex\YandexBrowser\User Data\Default\Cache
   Откройте данную папку и оцените ее объем.
   При большом кэше, данная операция по очистке вполне может помочь убрать подтормаживания.
   Настройки браузера Yandex - Настройки - История - кнопка Очистить историю - Укажите значение как на рисунке (или по своему усмотрению) - и нажмите Очистить историю
   

Хорошие рекомендации от Яндекса, но этого явно не достаточно. Тормозить работу могут и другие проблемы.

Настройки браузера Yandex - Настройки - Показать дополнительные настройки - Защита личных данных. Выставляйте галочки как на скриншоте Стоит отдельно сказать, что отключение пунктов

• Предсказывать действия пользователя для ускорения загрузки страниц - поможет сэкономить трафик и снимет лишнюю нагрузку с браузера.
• Включить защиту от фишинга и вредоносных программ - для защиты у большинства пользователей установлен антивирус. Нагружать еще и такой работой браузер - на это нужно иметь основания. Выключаем. К тому же скорость показа страниц увеличится.
• Пункты по отправке Яндексу статистики, отчетов и файлов - можете оставить на свое усмотрение, но я бы отключил.

Настройки браузера Yandex - Настройки - Показать дополнительные настройки - Система

• Разрешить приложениям работать в фоновом режиме после закрытия браузера - думаю тут понятно, что дополнения будут работать и после выхода из Яндекс браузера. Т.е. они могут показывать оповещения, проверять почту и другое. Рекомендуется отключить.
• Использовать аппаратное ускорение, если можно - Если при просмотре видео или флеша (ссылка), наблюдаются тормоза и оно проигрывается рывками, попробуйте поиграться с этим параметром. Если проблем не наблюдается, то лучше его не включать.
• Выгружать из памяти не используемые вкладки - для любителей держать большое количество открытых вкладок, включение данной функции обязательно.

Еще можно рекомендовать запуск браузера с параметрами.
Использование некоторых из них, вполне может помочь убрать подтормаживания.
Перечень таких значений, подходящих и для Yandex Browser можете увидеть здесь

И еще, если ничего не помогло, то обратите внимание на экспериментальные функции.
Для их просмотра, в адресной строке наберите - browser://flags
Возможно применение всех рекомендаций, поможет убрать тормоза на таком не плохом браузере.